《內經》中的經絡學說，是研究人體經絡系統的組成，生理功能，病理變化及其與臟腑關係的理論。經絡具有通行氣血，溝通表裏，貫通上下，聯繫臟腑骨節，將人體聯繫為統一整體的生理功用。因此〈內經〉主要講解如何運用針灸之術來治療疾病，而《靈樞》更稱為《針經》。至漢張仲景總結了漢代以前我國醫藥發展的經驗，成功地創立出以湯液治療疾病為主的《傷寒論》巨著。張仲景的《傷寒論》以六經為病的提綱，其提綱是將人身表裏分為六大證型，每大證型均備有主方主治，于方藥中分君臣佐使，再於相佐相使之藥視其兼證而加減之。

至於針灸也可將六經分為手足十二經，把人身病證分為十二類症候，見病知源，循經取穴，始得要領，故用針在於協調溝通臟腑經絡，以平為期。在處方配穴方面上，無論是辨證取穴，循經取穴，按時取穴，子母取穴，夫妻配穴，同經配穴，異經配穴，以及子午流注配穴，靈龜八法取穴等等，都是以經絡系統為根據。在補瀉手法中有子母補瀉，徐疾補瀉，提插補瀉，迎隨補瀉，呼吸補瀉以及燒山火和透天涼等等，也都必須從經絡系統上操作，也就是通過經絡系統的補瀉來調節內臟功能。而中藥雖也有歸經之分，但主要是直接作用於臟腑功能。所以對於重證，特別是內臟功能嚴重失調時，病情萬分危及之時，中藥的療效應該比單純針灸療效要好，因為針灸必須通過經絡系統傳導，才能調節內臟，而危重病人臟腑功能已經衰竭，經絡已經堵塞，這時只能依靠高手猛藥來起死回生，而針灸可以起到輔助治療的作用。當然對於某些急證針灸也是有很好的療效的，但總的來講對於危重病情中藥效果應該更快一些。還有一點，對於重證患者，中藥的劑量可以成倍的加重，而針灸的補瀉之量卻是有限的，患者本來以是強弩之末如果手法特別重，則根本無法承受。當然對於非危重證患者針藥則旗鼓相當，只要運用得當，都能取得滿意療效。因此不論以針灸還是中藥治療疾病，雖然它們的方法不同，但醫理是一致的，它們都以辨證論治為原則，中藥是以理，法，方，藥，劑量通貫一體，而針灸是以辨證，取穴，手法為要，也包括灸法。它們講究穴與穴的配合，手法補瀉操作的運用是否得當，以達到最佳效果。

但是中藥也有其局限性，因為中藥是有形之物只能培補後天，無法使其昇華。而針灸卻可以培補命門真火，使其昇華，化為先天之氣。詳見〈炁通任督必得康壽〉一文。中藥雖然能補腎陰和腎陽，卻無法使陰陽化為先天一炁。但通過針灸之術可以使命門之火昇華，化為先天之炁，這使中藥所無法做道的。